Yirmi bir yeni üniversite ile birlikte 3 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı Kanunla kurulan Afyon Kocatepe Üniversitesi'nde eğitim-öğretim faaliyetlerine 10 Kasım 1992 tarihinde başlanmıştır. Ancak üniversitenin tarihi, o dönemde Eskişehir İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'ne bağlı olarak kurulan Afyonkarahisar Maliye Muhasebe Yüksekokulunun açıldığı 1974 yılına dayanmaktadır. Afyonkarahisar Maliye Muhasebe Yüksekokulu, 1987 yılında Anadolu Üniversitesi'ne bağlı Afyonkarahisar İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi haline dönüştürülmüştür. Bu fakülte, kuruluşu sırasında Afyon Kocatepe Üniversitesi'ne bağlanmıştır.
Ege Üniversitesi'ne bağlı Uşak Meslek Yüksekokulu, Anadolu Üniversitesi'ne bağlı Afyonkarahisar Meslek Yüksekokulu ile Bolvadin Meslek Yüksekokulu da kuruluşları sırasında Afyon Kocatepe Üniversitesi'ne bağlanmıştır. Ayrıca 1992 yılında Afyonkarahisar il merkezinde Afyonkarahisar Atatürk Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu açılmıştır. Afyon Kocatepe Üniversitesi'ne bağlanan bu birimler dışında Afyonkarahisar'da Fen-Edebiyat Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi ve Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsü kurulmuştur.
1993-1994 öğretim yılı başlamadan Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı'nın izniyle Afyonkarahisar ilinin Dinar, Emirdağ, Sandıklı, Şuhut ilçelerinde meslek yüksekokulu açılmıştır. 1994-1995 öğretim yılında Afyonkarahisar'ın Çay ve İscehisar ilçelerinde meslek yüksekokulu kurulmuştur. 1995-1996 öğretim yılında Sultandağı Meslek Yüksekokulu açılmıştır. 1996-1997 öğretim yılında Afyonkarahisar'da Veteriner Fakültesinin yanı sıra Afyonkarahisar Sağlık Yüksekokulu açılmıştır. 1998 yılında Afyonkarahisar'da Tıp Fakültesi açılmıştır. 1999 yılında Afyonkarahisar'da Devlet Konservatuvarı, 2004 yılında Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur.
Afyon Kocatepe Üniversitesine bağlı yeni fakülte, enstitü ve yüksekokullar kurulmasına ilişkin kanun, 16 Ocak 2001 tarih ve 24289 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir. Bu kanunla Afyonkarahisar'da Eğitim Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü açılmıştır. 2004 yılında Afyon Kocatepe Üniversitesi'ne talebi üzerine Bakanlar Kurulunun onayı ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur. Bakanlar Kurulunun kararı, 30 Nisan 2004 tarihli 25448 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanmıştır.
Afyon Kocatepe Üniversitesinin İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi bünyesindeki İktisat, İşletme, Maliye Bölümlerinin Örgün Öğretim Programlarında 2005-2006 eğitim-öğretim yılından itibaren Zorunlu Yabancı Dil (İngilizce) Hazırlık Sınıfı açılması konusundaki teklifi, 14/01/2005 tarihli Yükseköğretim Genel Kurul toplantısında incelenmiş ve 2547 sayılı Kanun'un 2880 sayılı Kanun'la değişik 7/d-2 ve 7/h maddesi ile Yükseköğretim Kurumlarında Yabancı Dil Eğitim-Öğretimi ve Yabancı Dille Eğitim-Öğretim Yapılmasında Uyulacak Esaslara İlişkin Yönetmeliğin 7. maddesi uyarınca, söz konusu teklif uygun görülmüştür.
2005-2006 öğretim yılında Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu kurulmuş; Afyon Kocatepe Üniversitesi'nin Uşak'ta bulunan 4 fakülte, 1 yüksekokul ve 6 meslek yüksekokulu 17 Mart 2006 tarihli Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 5467 Sayılı Kanun uyarınca kurulan Uşak Üniversitesi'ne devredilerek Afyon Kocatepe Üniversitesinden ayrılmıştır.
2006-2007 öğretim yılında Afyonkarahisar'ın Sinanpaşa ve Bayat ilçelerinde meslek yüksekokulu kurulmuştur. 2007-2008 öğretim yılında Başmakçı Meslek Yüksekokulu'nun kurulmasının yanı sıra Süleyman Demirel Üniversitesi ile Afyon Kocatepe Üniversitesi arasında karşılıklı yapılan protokol neticesinde Dazkırı Meslek Yüksekokulu'nun Afyon Kocatepe Üniversitesi'ne devri gerçekleşmiştir. Afyon Kocatepe Üniversitesi Uzaktan Eğitim Meslek Yüksekokulu ise 2008-2009 öğretim yılında kurulmuştur.
Afyon Kocatepe Üniversitesi Teknik Eğitim Fakültesi'nin kapatılarak, Teknoloji Fakültesi'nin kurulması, 28/3/1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun ek 30 uncu maddesine göre, Bakanlar Kurulu'nca 02/11/2009 tarihinde kararlaştırılmıştır. Afyon Kocatepe Üniversitesi Teknoloji Fakültesi kurulmuştur. Bunun yanı sıra 2009-2010 öğretim yılında Afyon Kocatepe Üniversitesi Bolvadin Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, 26 Şubat 2010 tarih ve 27505 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2010/103 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuştur.
Afyon Kocatepe Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nin kurulması Milli Eğitim Bakanlığının 19/01/2010 tarihli ve 913 sayılı yazısı üzerine 28/3/1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun ek 30 uncu maddesine göre, Bakanlar Kurulu'nca 21/06/2010 tarihinde kararlaştırılmıştır. 15 Kasım 2010 tarih ve 27760 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2010/615 sayılı kararın ardından Afyon Kocatepe Üniversitesi Hukuk Fakültesi kurulmuştur. Afyon Kocatepe Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi, 2010-2011 öğretim yılında, 15 Nisan 2011 tarih ve 27906 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/1595 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuştur.
Eczacılık ve İslami İlimler Fakülteleri ise 2012 yılı Eylül ayında resmen kurulmuştur. Eczacılık Fakültesi akademik ve idari yapılanmasını sürdürürken, İslami İlimler Fakültesi ise 2013-2014 akademik yılında ek yerleştirme ile ilk öğrencilerini alarak eğitim-öğretime başladı. Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi'nin kurulmasına ilişkin 2014/6728 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ise 26 Ağustos 2014 günü, 29100 sayılı Resmi Gazete’de yayınlandı. Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi’nin resmen kurulmasıyla birlikte AKÜ bünyesindeki fakülte sayısı 15’e yükselmiş oldu. Bugün itibariyle Afyon Kocatepe Üniversitesi; 15 fakülte, 5 enstitü, 5 yüksekokul, 1 devlet konservatuvarı ve 15 meslek yüksekokulu ile eğitim-öğretime devam etmektedir.