Amasya Üniversitesinin temeli, 1974 yılında Milli Eğitim Bakanlığınca kurulan Eğitim Enstitüsü ile birlikte atılmıştır. 1975 yılında Milli Eğitim Bakanlığı Amasya Meslek Yüksekokulunu açmıştır.
1982 yılında YÖK'ün kurulmasıyla birlikte, Eğitim Enstitüsü ve Amasya Meslek Yüksekokulu Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlanmıştır. Aynı yıl Ondokuz Mayıs Üniversitesi Eğitim Fakültesine bağlı olarak "Eğitim Yüksekokulu" kurulmuştur.
Amasya Üniversitesi 17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren, 01.03.2006 tarih ve 5467 Sayılı Kanun'la kurulmuştur.
2013-2014 Akademik Yılı itibariyle üniversitemiz;
6 Fakülte:
- Tıp Fakültesi,
- Eğitim Fakültesi,
- İlahiyat Fakültesi,
- Mimarlık Fakültesi,
- Teknoloji Fakültesi,
- Fen - Edebiyat Fakültesi,
1 Yüksekokul:
8 Meslek Yüksekokulu:
- Taşova Meslek Yüksekokulu,
- Suluova Meslek Yüksekokulu,
- Tasarım Meslek Yüksekokulu,
- Merzifon Meslek Yüksekokulu,
- Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu,
- Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu,
- Gümüşhacıköy Hasan Duman Meslek Yüksekokulu,
- Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
2 Enstitü:
- Fen Bilimleri Enstitüsü,
- Sosyal Bilimler Enstitüsü
ile eğitim-öğretim hizmetlerini sürdürmektedir.