Ülkemizin nitelikli yüksek öğrenim kurumlarına olan ihtiyacına cevap vermek amacıyla, sağlık alanında çağdaş düzeyde hizmet veren Türkiye Organ Nakli Yanık ve Tedavi Vakfı’nın deneyim ve birikimleriyle mevcut tesislerin üniversiter bir yapıya dönüştürülmesi kararlaştırılmıştır.
Haberal Eğitim Vakfı ile birlikte kurulması kararlaştırılan Başkent Üniversitesi’nin kuruluş işlemleri 14 Eylül 1993 tarihli 515 sayılı kanun hükmündeki kararnameye dayalı olarak tamamlanmış ve 13 Ocak 1994 tarihinde 3961 sayılı kanunla kurulmuştur.
1994-1995 eğitim ve öğretim yılında, Tıp Fakültesi Tıpta Uzmanlık Eğitimi, Hemşirelik Yüksekokulu ve Biyomedikal Cihaz Teknolojisi Meslek Yüksekokulu programlarında eğitim ve öğretim faaliyetleri başlatılmış, Ankara Eskişehir Devlet Yolu 20.km'de (Bağlıca Köyü mücavir alanında) 650 dönümlük arazide başlatılan yapılaşma kısa sürede tamamlanmıştır.
1995-1996 öğretim yılında, kuruluş yasamızda mevcut olan, İktisadi ve idari Bilimler Fakültesi İşletme ve Turizm İşletmeciliği, Fen-Edebiyat Fakültesi Amerikan Kültürü ve Edebiyatı Bölümleri ile, Meslek Yüksekokulu kapsamında Büro yönetimi ve sekreterlik programları faaliyete geçirilmiştir. Yine aynı öğretim yılında Merkez kampusumuzda (Bahçelievler) Sosyal Bilimler Enstitüsü bünyesinde "İşletme yönetimi bilim uzmanlığı" programı açılmıştır.
Üniversitemizin Bağlıca Kampusunda, 1994-1995 öğretim yılında başlatılıp yoğun ve hızlı biçimde sürdürülen ve 1996-1997 öğretim yılından önce, tamamlanması gerçekleştirilen fiziksel yapılaşma göz önünde tutularak,1996-1997 öğretim yılında, Mühendislik Fakültesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Sağlık İdaresi ve İşletmesi Yüksekokulu Sağlık Kurumları İşletmeciliği, Sağlık Kurumları İşletmeciliği Yüksek Lisans ve Meslek Yüksekokulu Turizm ve Otelcilik programlarında öğretim başlamıştır.
1997-1998 öğretim yılında Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Hukuk Fakültesi, Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu Bilgisayar Donanımı, Bilgisayar Programcılığı,Endüstriyel Elektronik ve Haberleşme Programları, Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu Turizm Rehberliği, Yiyecek İçecek Programları açılmıştır. Fen Bilimleri Enstitüsü'nde Elektrik-Elektronik Mühendisliği ve Bilgisayar Mühendisliği Yüksek Lisans Programları başlatılmıştır.
1998-1999 öğretim yılında Mühendislik Fakültesi'nde Endüstri Mühendisliği Bölümü, İktisadi ve idari Bilimler Fakültesi'nde İktisat Bölümü ile Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü açılmış, aynı yıl eğitim-öğretime başlanmıştır. Yine bu öğretim yılında Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Endüstri Mühendisliği Yüksek Lisans Programı ile Elektrik-Elektronik Mühendisliği Doktora Programı açılarak öğretime başlanmıştır. Ayrıca, bu öğretim yılının sonunda, Ankara'da saygın bir eğitim kurumu olan "Ayşeabla Koleji", "Başkent Üniversitesi Kolej Ayşeabla Okulları" adı ile bünyemize alınmıştır. Böylece anaokulundan, Üniversite mezuniyetine kadar eğitim zincirinin tüm halkaları tamamlanmıştır.
1999-2000 eğitim-öğretim yılında, Hemşirelik, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon, Spor Bilimleri, Sağlık Kurumları İşletmeciliği ve Beslenme ve Diyetetik Bölümleri, Sağlık Bilimleri Fakültesi yapısı altında eğitim-öğretim hizmeti vermeye başlamıştır. Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ve buna bağlı Bankacılık, Sigortacılık ile Uluslararası Ticaret Bölümleri açılarak eğitime başlanmıştır.
2000-2001 eğitim-öğretim yılında Meslek Yüksekokulları ile Sağlık Teknolojisi Yüksekokuluna öğrenci alınmamıştır. Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu içinde Muhasebe, Turizm ve Otelcilik, Turizm Rehberliği ve Yönetim Bilişim Sistemleri Programları açılarak ilk öğrencilerini almıştır. Ayrıca bu eğitim-öğretim yılında Eğitim Fakültesi, Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Öğretmenliği, İlköğretim Matematik Öğretmenliği, İngilizce Öğretmenliği, Okul Öncesi Öğretmenliği ve Sınıf Öğretmenliği Proğramları ile eğitimine başlamıştır. Lisanüstü eğitim veren enstitüler arasına, Eğitim Bilimleri Enstitüsü eklenmiş, Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesine Protetik Diş Tedavisi ve Ortodonti eğitim Programları eklenmiştir. Ayrıca, Transplantasyon ve Gen Bilimleri Enstitüsü ile Yanık, Yangın ve Doğal Afetler Enstitüleri kurulmuş ve yine bu öğretim yılında Adana'da bulunan Gönen Okulları da Başkent Üniversitesi bünyesine alınmıştır.
2001-2002 eğitim-öğretim yılında Meslek Yüksekokullarına tekrar öğrenci alınmaya başlanmıştır. Ayrıca Eğitim Fakültesi bünyesinde Türkçe Öğretmenliği bölümü, İletişim Fakültesi bünyesinde Bilgi ve Belge yönetimi ile İletişim Tasarımı Bölümleri, Sağlık Bilimleri Fakültesi bünyesinde Sosyal Hizmetler Bölümü açılmış ve öğrenci alımı için 2002 ÖSYS kılavuzunda yer almışlardır. Ayrıca bu öğretim yılında Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu bünyesinde bulunan Muhasebe Programı'nın ve Sigortacılık Programı'nın adları "Muhasebe ve Finansal Yönetim" ve "Sigortacılık ve Risk Yönetimi" olarak değiştirilmiştir.
2002-2003 eğitim-öğretim yılında İletişim Fakültesi bünyesinde Radyo, Sinema ve Televizyon Bölümü, Mühendislik Fakültesi bünyesinde Makine Mühendisliği Bölümü, Güzel Sanatlar, Tasarım ve Mimarlık Fakültesi bünyesinde ise Grafik Tasarımı Bölümü açılmış ve 2003 ÖSYS kılavuzunda yer almışlardır. Ayrıca Eğitim Fakültesi bünyesinde İngilizce Öğretmenliği Sertifika Programı açılmıştır. Eğitim Bilimleri Enstitüsü bünyesinde ise Matematik Öğretmenliği, Fizik Öğretmenliği, Kimya Öğretmenliği, Biyoloji Öğretmenliği, Bilgisayar Öğretmenliği, Türk Dili ve Edebiyatı Öğretmenliği Tarih Öğretmenliği, Beden Eğitimi Öğretmenliği alanlarında tezsiz yüksek lisans programları (4+1.5) da açılmıştır. Üniversitemizin sağlık hizmetleri kapsamında "Konya Uygulama ve Araştırma Merkezi"miz 250 yatak kapasitesi ile 6 Haziran 2003 tarihinde Konya halkının hizmetine açılmıştır.
2003-2004 eğitim-öğretim yılında Eğitim Fakültesi bünyesinde, Eğitim Programları ve Öğretim Anabilim Dalı, Eğitim Yönetimi Teftişi, Planlaması ve Ekonomisi Anabilim Dalı, Eğitimde Ölçme ve Değerlendirme Anabilim Dalı, Eğitimde Psikolojik Hizmetler Anabilim Dalı açılmıştır. Sosyal Bilimler Enstitüsü Müzik ve Sahne Sanatları Anabilim Dalı bünyesinde Müzik Bilimleri Tezli Yüksek Lisans Programı, Kompozisyon Tezli Yüksek Lisans Programı, Performans Tezsiz Yüksek Lisans Programı, Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Kalite Mühendisliği Yüksek Lisans Programı, Güzel Sanatlar Tasarım ve Mimarlık Fakültesi bünyesinde Müzik ve Sahne Sanatları Bölümü ve bu bölüme bağlı Opera Koro ve Popüler Müzik Şarkıcılığı Programı ile Kompozisyon ve Müzik Teorisi Programı, yine aynı Fakültede İç Mimarlık ve Çevre Tasarımı Programının yanı sıra Mühendislik Fakültesi bünyesinde Makine Mühendisliği programları, Eğitim Fakültesi bünyesinde Türk Dili ve Edebiyatı Öğretmenliği ile Ortaöğretim Matematik Öğretmenliği programları açılmış ve 2004 ÖSYS kılavuzunda yer almışlardır. Ayrıca, Üniversitemiz bünyesinde Türk Mutfak Kültürü Araştırma ve Uygulama Merkezi ile Ölçümbilim ve Kalibrasyon Uygulama ve Araştırma Merkezleri kurulmuştur.
2004-2005 eğitim-öğretim yılında Ticari Bilimler Fakültesi kurulmuş ve Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının onayı ile Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu tüm bölümleri ve öğretim elemanlarıyla, bu fakülteye aktarılmıştır. Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Anabilim dalı bünyesinde Matematik Öğretmenliği, Fizik Öğretmenliği, Kimya Öğretmenliği, Biyoloji Öğretmenliği, Ortaöğretim Sosyal Alanlar Eğitimi Anabilim Dalın’da Tarih Öğretmenliği, Türk Dili ve Edebiyatı Öğretmenliği Tezsiz Yüksek Lisans Programları, İlköğretim Anabilim Dalı bünyesinde Okul Öncesi Öğretmenliği, İlköğretim Matematik Öğretmenliği, Fen Bilgisi Öğretmenliği Tezli Yüksek Lisans Programları açılmıştır . Sağlık Bilimleri Enstitüsü Spor Bilimleri Anabilim Dalı bünyesinde Egzersiz ve Sportif Performans ile Beslenme Diyetetik, Fen Bilimleri Ensititüsü bünyesinde Biyomedikal Mühendisliği, Sosyal Bilimler Enstitüsü Ekonomi ve Maliye Anabilim Dalı bünyesinde Ekonomi Hukuku Yüksek Lisans Programları açılmıştır. Sağlık Bilimleri Ensititüsü Anatomi Anabilim Dalı bünyesinde Anatomi, Kulak, Burun ve Boğaz Hastalıkları Anabilim Dalı bünyesinde Odyoloji ve Konuşma Ses Bozuklukları Yüksek Lisans Programı, Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalında Doktora Programı açılmıştır. Sosyal Bilimler Enstitüsü bünyesinde Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Tezsiz Yüksek Lisans Programı eğitim-öğretime başlamıştır. 19 Mayıs 2005 tarihinde Tokat ili, Zile ilçesinde Diyaliz Merkezimiz faaliyete geçmiştir. Üniversitemizde "İlkyardım Yönetmeliği" doğrultusunda, 11 Mayıs 2005 tarihinde Sağlık Bakanlığından alınan ruhsata dayanılarak "İlkyardım Eğitim Merkezi" kurulmuştur. Merkezimiz Tıp Fakültesi Anesteziyoloji Anabilim Dalı sorumluluğunda ve Merkez Müdürü yönetiminde oluşturulan eğitim kadrosuyla programlarını uygulamaktadır. İlkyardım Eğitim Merkezimiz, Eğitimci Eğitimi düzenleme yetki belgesine sahip olup 2005 yılı içerisinde üç defa kurs düzenlemiş ve 24 sağlık personeline eğitici sertifikası vermiştir.
2005-2006 eğitim-öğretim yılında Güzel Sanatlar Tasarım ve Mimarlık Fakültesi bünyesinde Sanat Tarihi Programı açılmış ve 2007-2008 Eğitim-Öğretim yılında bu Bölümün adı Sanat Tarihi ve Müzecilik olarak değiştirilmiştir.
2006-2007 eğitim-öğretim yılında ise Devlet Konservatuvarı, Güzel Sanatlar Tasarım ve Mimarlık Fakültesinden ayrılarak yeni bir birim olarak kurulmuştur. Ayrıca 1996 yılında kurulmuş olan Başkent Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi de 2006 yılında eğitim-öğretime başlamıştır.