Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, 1992 tarihinde kurulmuştur. Üniversitemizin kuruluşunda Fen-Edebiyat, Su Ürünleri, Teknik Eğitim, İktisadî ve İdarî Bilimler Fakülteleri, Fen ve Sosyal Bilimler Enstitüleri, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu yer almıştır. Muğla’daki ilk yükseköğrenim birimleri ise 1975 yılında Ankara İktisadî ve Ticarî İlimler Akademisine bağlı olarak kurulmuş, 1982 yılında ise Dokuz Eylül Üniversitesine bağlanmış olan Muğla İşletmecilik Yüksekokulu ile 1989 yılında Dokuz Eylül Üniversitesine bağlı olarak kurulmuş olan Muğla Meslek Yüksekokuludur. Üniversitemizin kurulmasıyla Muğla İşletmecilik Yüksekokulu İktisadî ve İdarî Bilimler Fakültesine, Muğla Meslek Yüksekokulu da Üniversitemize bağlanmıştır. 1993 yılı iki aktif fakülte ve iki meslek yüksekokulu ile okulumuzun ilk öğrencilerini aldığı akademik yıl olmuştur. Fen-Edebiyat Fakültesi ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu 1993 yılında, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü 1994 yılında, Ula Ali Koçman Meslek Yüksekokulu ve Ortaca Meslek Yüksekokulu 1994 yılında, Milas Sıtkı Koçman Meslek Yüksekokulu ile Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu 1995 yılında, Muğla Sağlık Yüksekokulu, Marmaris Sağlık Yüksekokulu ve Teknik Eğitim Fakültesi 1997 yılında, Fethiye Ali Sıtkı Mefharet Koçman Meslek Yüksekokulu 1998 yılında, Dalaman Meslek
Yüksekokulu 1999 yılında, Eğitim Fakültesi ile Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu 2001 yılında, Fethiye Sağlık Okulu 2002 yılında, Güzel Sanatlar Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi ve Yatağan Meslek Yüksekokulu ise 2004 yılında, Mühendislik Fakültesi ile Datça Kazım Yılmaz Meslek Yüksekokulu 2006 yılında,Eğitim Bilimleri Enstitüsü 2010 yılında, Tıp Fakültesi, Edebiyat Fakültesi, Fen Fakültesi, Teknoloji Fakültesi ve Köyceğiz Meslek Yüksekokulu 2011 yılında, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Bodrum Denizcilik Meslek Yüksekokulu ve İçmeler Turizm Meslek Yüksekokulu 2012 yılında ilk öğrencilerini almıştır. Sıtkı Koçman Yabancı Diller Yüksekokulu 2005 yılında eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır.
Mimarlık Fakültesi, Fethiye İşletme Fakültesi, İlahiyat Fakültesi ve Dalaman Sivil Havacılık Yüksekokulumuz kurulmuş ancak eğitim-öğretim faaliyetlerine henüz başlanmamıştır.
Kurulduğu günden bu yana, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi ülkemizin sosyo-kültürel, bilimsel ve teknolojik gelişmesine katkıda bulunma, yüksek kalitede yükseköğrenim ve araştırma sunma amacında olmuştur. Sistematik ve kapsamlı bir eğitim programı geliştirilmesi yeterli bir altyapı gerektirir fikri ile hareket eden Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi 1994 yılında hızlı bir gelişme ve yatırım projesi başlatmıştır. Üniversitemizin bu çabalarına okulumuzun hamisi Sıtkı Koçman cömert mali katkılarıyla destek olmuştur.
Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri, Eğitim Bilimleri, Sanat ve Beşeri Bilimler ile mesleki eğitim alanlarında güvenilir bir eğitim sunma amacıyla kurulduğunda, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi’nin sadece bir bölümü, 1.128 öğrencisi ve üç programı vardı. Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi bugün 13 fakülte, 4 enstitü, 6 yüksekokul, 13 meslek yüksekokulu, 18 araştırma ve uygulama merkezi ile 208.000 metrekare kapalı alan üzerinde 30.000’den fazla öğrencisi, 1000’i aşan öğretim elemanı ve 800’e yaklaşan idari personeliyle hizmet veren genç ama hızla gelişen bir üniversite olmaktan gurur duymaktadır.